这篇文章起笔不凡，开篇提出：君子无党，小人有党的观点。对于小人用来陷人以罪、君子为之谈虎色变的“朋党之说”，作者不回避，不辩解，而是明确地承认朋党之有，这样，便夺取了政敌手中的武器，而使自己立于不败之地。开头一句，作者就是这样理直气壮地揭示了全文的主旨。它包含三个方面内容：朋党之说自古有之；朋党有君子与小人之别；人君要善于辨别。作者首先从道理上论述君子之朋与小人之朋的本质区别；继而引用了六件史实，以事实证明了朋党的“自古有之”；最后通过对前引史实的进一步分析，论证了人君用小人之朋，则国家乱亡；用君子之朋，则国家兴盛。文章写得不枝不蔓，中心突出，有理有据，剖析透辟，具有不可辩驳的逻辑力量。
全文共分五段。
第一段：“臣闻朋党之说，自古有之，惟幸人君辨其吾子、小人而已。”“朋党”，指同类人因某种目的而在一起。“自古有之”的“之”是代指“朋党之说”的。“幸”是希望的意思，“惟幸”，说只希望。“其”，代“朋党”，为第三人称“他们”。听说有关朋党的议论，是自古以来就有的，只是希望国君能辨别他们是君子还是小人罢了。
第二段：“大凡君子与君子以同道为朋，小人与小人以同利为朋，此自然之理也。”“以同道为朋”，就是因志同道合而结为朋党，“以”是因为的意思，“以同利为朋”，就是因利害关系相同而结为朋党。接下去，作者以设问的方式提出问题：“然臣谓小人无朋，惟君子则有之，其故何哉？”这里用“然”字转折，问道：“我以为小人没有朋党，只有君子才有，那原因是什么呢？”“小人所好者，禄利也；所贪者，财货也。”这是说小人所喜好的是禄利，“禄”是俸禄，小人所贪的是财物。“当其同利之时，暂相党引以为朋者，伪也”，“党引”是结为朋党，互相援引。这句说，当他们利害相同时，暂且互相勾结援引而成朋党，那是假的。“及其见利而争先，或利尽而交疏，则反相贼害，虽其兄弟亲戚不能相保。”“及”是到了，“其”代这些小人，“贼害”即伤害。这几句说，到了他们见到好处而争先恐后，或者好处已经抢光了，交往也少了，则反而互相残害，即使是兄弟亲戚也不能相保。所以，作者重复说：“故臣谓小人无朋，伪也。”再说君子，他们的行为完全两样：“君子则不然，所守者道义，所行者忠信，所惜者名节。”“不然”，即不是这样。“守”，是坚守、遵循的意思。“忠信”，是忠诚、守信，“名节”是名誉、气节。君子所坚守的是道义，所力行的是忠信，所珍惜的是名节。“以之修身，则同道而相益；以之事国，则同心而共济，终始如一。”“以之”的“以”，是凭借的意思，“之”，代上面所说的“道义”、“忠信”和“名节”。这几句说，凭借道义、忠信和名节来修炼自身，那么君子就有了共同的道德规范，相助而得益，凭借这些为国效力，那么君子就同心协力，始终如一。接着，作者用“此君子之朋也”一句，强调这些作为与小人截然不同。因此，他得出结论说：“故为人君者，但当退小人之伪朋，用君子之真朋，则天下治矣。”“退”是斥退，罢黜，“用”是进用。这几句说：所以做国君的，只要斥退小人的假朋党，用君子的真朋党，那天下就安定太平了。
第二段运用了对比。作者在分析君子、小人的区别时剖析道：小人、邪者以利相结，同利则暂时为朋，见利则相互争竞，力尽则自然疏远或互相残害，从实质上看，小人无朋；与此相反，君子之朋以道相结，以道义、忠信、名节为重，同道、同德，自然同心，从这一意义上看，君子之朋才是真朋。二者对比鲜明，水到渠成的得出“退小人之伪朋，用君子之真朋，则天下治矣”的结论，增强了文章的说服力，同时带起下面的一段文字。
第三段广泛列举史实，从各方面论证用君子之真朋则国兴，用小人之伪朋则国亡。与上文开头的“朋党之说，自古有之”遥相呼应，对上文结尾的“退小人之伪朋，用君子之真朋，则天下治矣”，是有力的补充和论证。文中正反引用尧、纣时对朋党的利用，加强对比，阐明小人无朋，君子有朋，有关国家兴亡。再以东汉桓、灵时的党锢之祸、晚唐昭宣帝时朱全忠杀害名士的史实，引用反面例证，阐明迫害残杀君子之朋导致亡国的历史教训。
第三段：作者举了大量的历史事实来说明：“尧之时，小人共工、驩兜等四人为一朋，君子八元、八恺十六人为一朋。舜佐尧退四凶小人之朋，而进元，恺君子之朋，尧之天下大治。”“共工，驩兜等四人”，都是古史传说中凶狠邪恶之徒，“君子八元，八恺”之“元”，是指善良的人，“恺”是指忠诚的人。传说高辛氏有八个有才德的后裔，叫做“八恺”。舜辅佐尧黜退四凶小人的朋党，而进用元、恺君子之朋党，因而尧的天下得到大治。
至于舜之时，文章写道：“及舜自为天子，而皋、夔、稷、契等二十二人并列于朝，更相称美，更相推让，凡二十二人为一朋，而舜皆用之，天下亦大治。”“及舜自为天子”，说等到舜自己做了天子。皋、夔，稷、契等贤臣一起在朝中做官。“更相称美，更相推让”的“更相”，是相互的意思，“更”，读第一声。“称美”，是称颂人家的美德和好处，“推让”是谦虚礼让。这样，他们团结一心，舜对他们都加以任用，天下也获得大治。等等。
第四段：作者带有总结性地论述：“夫前世之主，能使人人异心不为朋，莫如纣；能禁绝善人为朋，莫如汉献帝，能诛戮清流之朋，莫如唐昭宗之世：然皆乱亡其国。”“夫前世之主”的夫是发语词，没有实义。“莫如纣”的“莫”是代词，为无指代词，代人，当“没有人”讲，代物，当“没有什么”讲。这几句说，前世君主，能使人人不同心不结为朋党，没有人像商纣王那样；能禁止善良的人结成朋党，没有人像汉献帝那样；能杀戮品行高洁、负有时望者的朋党，没有什么时候像唐昭宗统治时那样。这些国君都把他们的国家搞乱了，灭亡了。“更相称美推让而不自疑，莫如舜之二十二臣，舜亦不疑而皆用之。然而后世不诮舜为二十二人朋党所欺，而称舜为聪明之圣者，以能辨君子与小人也。周武之士，举其国之臣三千人共为一朋，自古为朋之多且大莫如周，然周用此以兴者，善人虽多而不厌也。”这是说：“互相称美推让而不自生疑心，没有人像舜的二十二个臣子，舜也不怀疑他们而都加以任用。然而后世的人不责备舜被二十二人的朋党所欺蒙，反而称颂舜为聪明的圣人，是因为他能辨别君子和小人啊。”这几句里，“诮”是责备的意思，“以能辨”的“以”是因为的意思。“周武之士，举其国之臣三千人共为一朋”，“举”是全，“其”是代词他，即周武王，这句说他全国所有的三千人臣民，全部结成一个大朋党。“自古为朋之多且大莫如周”，“多”是人数多，“大”是范围广，这句说，自古以来，结成朋党人数多而且范围大没有哪个朝代象周朝那样的。“然周用此以兴者，善人虽多而不厌也。”“用此以兴”的“用此”，就是因此。“善人虽多而不厌”说好人虽多而不满足，也就是再多也不嫌多。“厌”是满足。
文章末尾，作者又强调了一下：“夫兴亡治乱之迹，为人君者可以鉴矣。”“迹”是历史事迹，“鉴”是借鉴。这是说上述的兴亡治乱的史迹，做国君的可以借鉴。很明显地请求宋仁宗纳谏，用君子之真朋，退小人之伪朋，以使国家兴盛起来。
文章不讳言朋党，而是指出朋党有原则的区别，“君子与君子以同道为朋，小人与小人以同利为朋”，并引证历史来说明君子之朋有利于国，小人之朋有害于国，希望人君进君子之真朋，去小人之伪朋。文章避免了消极地替作者作辩解，而从正面指出朋党的客观存在，指出借口反对朋党的人就结为朋党，说明朋党有本质的不同。这就争取了主动，使作者立于不败之地，文章也由此具有深刻的揭露作用和强大的批判力量，而排偶句式的穿插运用，又增加了文章议论的气势。
朋党论原文
臣闻朋党之说，自古有之，惟幸人君辨其君子小人而已。大凡君子与君子以同道为朋，小人与小人以同利为朋，此自然之理也。
然臣谓小人无朋，惟君子则有之。其故何哉？小人所好者禄利也，所贪者财货也。当其同利之时，暂相党引以为朋者，伪也；及其见利而争先，或利尽而交疏，则反相贼害，虽其兄弟亲戚，不能自保。故臣谓小人无朋，其暂为朋者，伪也。君子则不然。所守者道义，所行者忠信，所惜者名节。以之修身，则同道而相益；以之事国，则同心而共济；终始如一，此君子之朋也。故为人君者，但当退小人之伪朋，用君子之真朋，则天下治矣。
尧之时，小人共工、驩兜等四人为一朋，君子八元、八恺十六人为一朋。舜佐尧，退四凶小人之朋，而进元、恺君子之朋，尧之天下大治。及舜自为天子，而皋、夔、稷、契等二十二人并列于朝，更相称美，更相推让，凡二十二人为一朋，而舜皆用之，天下亦大治。《书》曰：“纣有臣亿万，惟亿万心；周有臣三千，惟一心。”纣之时，亿万人各异心，可谓不为朋矣，然纣以亡国。周武王之臣，三千人为一大朋，而周用以兴。后汉献帝时，尽取天下名士囚禁之，目为党人。及黄巾贼起，汉室大乱，后方悔悟，尽解党人而释之，然已无救矣。唐之晚年，渐起朋党之论。及昭宗时，尽杀朝之名士，或投之黄河，曰：“此辈清流，可投浊流。”而唐遂亡矣。
夫前世之主，能使人人异心不为朋，莫如纣；能禁绝善人为朋，莫如汉献帝；能诛戮清流之朋，莫如唐昭宗之世；然皆乱亡其国。更相称美推让而不自疑，莫如舜之二十二臣，舜亦不疑而皆用之；然而后世不诮舜为二十二人朋党所欺，而称舜为聪明之圣者，以能辨君子与小人也。周武之世，举其国之臣三千人共为一朋，自古为朋之多且大，莫如周；然周用此以兴者，善人虽多而不厌也。
嗟呼！兴亡治乱之迹，为人君者，可以鉴矣。